医疗机构对于医疗事故的处理可以通过协商解决，但对于大型医疗机构，协商成功的可能性较小。若存在争议，可申请医疗行政部门调解，进行医疗事故鉴定，并在鉴定结论后进行协商或由医疗行政部门主持调解。若协商不成，可向卫生行政部门提出调解申请或直接向人民提起民事诉讼。
法律分析
(一)双方协商：对于中小型医疗机构，在过错明显的时候，对构成医疗事故无争议时，争取通过协商解决。对于大型医疗机构，协商成功的可能性相对不大。
(二)行政处理：申请医疗行政部门调解，如对是否构成医疗事故存在争议，则主动申请医疗事故鉴定;在鉴定结论作出后，可以协商或由医疗行政部门主持调解。
《医疗事故处理条例》第四十六条规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民提起民事诉讼。
拓展延伸
医疗事故赔偿申请的流程和注意事项
医疗事故赔偿申请的流程包括以下几个步骤：首先，受害者或其代理人需要收集相关证据，如医疗记录、诊断证明、费用明细等。其次，填写赔偿申请表格，并附上所需的证据材料。然后，将完整的申请材料提交给相关的医疗机构或保险公司。接下来，等待对方的审核和回复。最后，根据对方的答复，可以进行进一步的协商或提起诉讼。
在申请过程中需要注意以下几点：首先，确保提供的证据充分、准确，并按照要求进行整理和归档。其次，注意申请材料的递交截止日期，以免错过申请期限。此外，了解赔偿申请的法律规定和相关程序，以便能够更好地维护自己的权益。最后，如果遇到问题或纠纷，可以寻求专业律师的帮助，以确保申请的顺利进行。
总之，医疗事故赔偿申请的流程较为繁琐，但通过合理准备和遵守规定，可以提高申请成功的机会。同时，注意事项的遵守也能保护申请人的权益，确保公正的赔偿结果。
结语
在处理医疗事故赔偿申请时，双方应首先尝试通过协商解决，特别是对于中小型医疗机构。对于大型医疗机构，协商成功的可能性较小。如果争议无法解决，可以申请医疗行政部门的调解，必要时进行医疗事故鉴定。根据《医疗事故处理条例》第四十六条规定，如果协商不成，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，或直接向人民提起民事诉讼。在申请赔偿时，应收集充分、准确的证据，并按要求填写申请表格。了解赔偿申请的法律规定和程序，并在需要时寻求专业律师的帮助，将有助于保护申请人的权益，确保公正的赔偿结果。
法律依据
医疗事故处理条例：第一章 总 则 第二条 本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。
医疗事故处理条例：第二章 医疗事故的预防与处置 第九条 严禁涂改、伪造、隐匿、销毁或者抢夺病历资料。
医疗事故处理条例：第一章 总 则 第一条 为了正确处理医疗事故，保护患者和医疗机构及其医务人员的合法权益，维护医疗秩序，保障医疗安全，促进医学科学的发展，制定本条例。